Iga pöördosmoosisüsteem on saastunud ja vajab puhastamist. Kuna reostuse korral ei ole tavaliselt ainult üks saasteaine, sisaldab tüüpiline puhastusprotsess tavaliselt kahte etappi: madala pH-tasemega puhastamine ja kõrge pH-tasemega puhastamine.
Erinevaid saasteaineid tuleks puhastada erinevate puhastusvahenditega. Leeliselist puhastust kasutatakse peamiselt mikroorganismide või orgaaniliste saasteainete eemaldamiseks ning happepuhastust kasutatakse peamiselt katlakivi eemaldamiseks. Puhastusvahend tuleks valida vastavalt saasteainete tüübile ja membraani tüübile, et vältida membraani kahjustamist.
Puhastusvahendite kasutusjärjekord tuleks määrata vastavalt tegelikele probleemidele. Tavaline puhastusjärjekord on esmalt happepesu ja seejärel leelispesu.
Mõnel juhul, kui saaste on peamiselt orgaaniline aine või mikroorganismid, võib esmalt läbi viia leelisepesu, seejärel happepesu ja seejärel leelispesu.
Leeliselise pesemise viimase sammuna võtmise oluline põhjus on see, et see suudab pärast peitsimist täielikult avada membraani poorid, et taastada vee tootmisvool.
