Membraanisüsteem põhineb disaini alusena pideval töötamisel, kuid tegelikus töös on alati teatud käivitus- ja seiskamissagedus.
Kui membraanisüsteem on välja lülitatud, tuleb madala rõhu loputamiseks kasutada läbilaskvat vett või eeltöödeldud vett, et asendada kontsentreeritud vesi suure kontsentratsiooniga, kuid sisaldab membraanielemendi skaala inhibiitorit. Samuti tuleks võtta meetmeid, et vältida vee lekkimist süsteemist välja ja õhu sissetoomist, kuna kui element kaotab vee ja kuivab, võib esineda pöördumatult läbilaskva voolu kadu.
Kui seisakuaeg on lühem kui 24 tundi, ei ole mikroobide kasvu vältimiseks vajalikke meetmeid. Kui seisakud ületavad eespool nimetatud sätteid, tuleb süsteemi säilitamiseks kasutada kaitsevedelikku või loputada membraanisüsteemi regulaarselt.
